מערך המחסנים של קבוצת לפידות מבוסס על טכנולוגיה מהמתקדמות ביותר בתחום הלוגיסטיקה וכולל מערכות WMS וליקוט אוטומטיות. המערך קולט בכל שנה מאות רבות של מכולות ומשלוחים אוויריים. למערך יכולת אחסון תרופות, ציוד רפואי ותוספי תזונה. המערך כולל יכולת אחסון מוצרים בטמפרטורות שונות 15-25⁰C , 2-8⁰C, -20⁰C, -80⁰C. קיבולת המחסנים הינה למעלה מ-6,000 משטחים. המחסנים מבוקרים ומנוטרים טמפ' ולחות, מלווים ומפוקחים על ידי רוקחת אחראית, עומדים בתקן GMP ומאושרים ע"י משרד הבריאות הישראלי.